中華人民共和國南京海關于1979年1月1日 正式成立。這是黨的十一屆三中全會召開以后，我國在長江內河設立的第一個海關機構。經過30多年的發展，南京海關各項工作取得顯著進步，已步入海關系統大關行列。南京海關直屬海關總署領導，現為正廳（局）級海關,負責江蘇全境的監管、征稅、打私、統計等海關業務。關區現下轄金陵、蘇州、蘇州工業園區3個副廳級海關，22個正處級海關、8個正處級辦事處、15個副處級辦事處、15個緝私分局，代管海關總署蘇州教育培訓基地；機關內設1個副廳局級機構、17個正處級機構，下設2個事業單位和1個正處級派駐機構。關區現有關警員2993名。與此同時，南京海關始終堅持全面從嚴治黨、從嚴治關，打造了一支政治堅強、業務過硬、值得信賴的海關準軍事化紀律部隊。